真菌性角膜潰瘍系真菌直接侵入角膜感染所致。在感染角膜的潰瘍面上刮取壞死組織進行涂片檢查，常可找到真菌菌絲。將壞死組織接種于真菌培養基上，可有真菌生長。對人類角膜有致病的真菌達數十種。針對于真菌性角膜潰瘍怎么治療呢?
 
真菌性角膜潰瘍治療以抗真菌藥物為主，常用0.25%二性霉素B(該藥球結膜下注射易致結膜壞死，臨床上要特別注意)、金褐霉素眼膏、制霉菌素眼膏及10%大扶康、1%咪康唑、1%克霉唑等，每日3～4次點眼，并全身應用抗真菌藥。皮質類固醇無論全身或局部單獨使用均屬禁忌。由于本病多引起虹膜炎，須經常注意散大瞳孔。
 
穿透性角膜移植術是近年比較肯定的手術治療方法，其適應癥主要是藥物治療無效，或角膜潰瘍穿孔，發生眼內容物脫出或繼發青光眼等嚴重并發癥，是為挽救眼球而采取的一種搶救性手術。由于真菌菌絲可垂直生長，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌絲可向深部生長，甚至侵入眼內，手術難以清除干凈眼內的真菌，故術后常出現復發。因此對無手術適應癥者，強調先行抗真菌藥物治療。
 
中醫認為真菌性角膜潰瘍多因濕熱所致，治療時要分辨濕熱的偏重，選用清熱祛濕藥，常用的方劑有除濕湯、甘露飲等。此外，還可采用中藥熏洗或霧化治療。
 
真菌性角膜潰瘍必須積極治療。潰瘍階段，真菌高度生長繁殖，應首選對真菌敏感的藥物。由于真菌常潛伏于角膜組織內，十分頑固，要求藥物與潰瘍面保持連續性的接觸，使藥物在深部組織達到足夠濃度，才能消滅或抑制真菌的活動。到目前為止，用來治療真菌性角膜潰瘍的藥物尚不夠理想。對于藥物治療無效的病例，尚須進行手術。