后天性麻痹性斜視首先應針對發病原因采取保守治療，在保守治療無效、且病情穩定達6個月以上者可考慮手術治療。而先天性麻痹性斜視則多以早期手術矯正為主。
1）病因治療：
常見的病因有顱內占位性病變、顱腦炎癥、顱腦外傷、鼻竇炎癥及糖尿病等，應會同有關科室檢查、治療。
2）藥物治療：
對原因不明或考慮系炎癥引起者可用抗菌素與激素聯合治療。
3）支持療法：
可肌注維生素B1、維生素B12、肌苷、ATP以及針灸、理療等促進麻痹肌功能的恢復。
4）消除復視：
遮蓋一眼可消除復視引起的各種不適，為了促進麻痹肌功能的恢復及避免直接對抗肌發生痙攣及攣縮，目前多主張遮蓋健眼。
5）三棱鏡矯正：
對小于10?斜視引起的復視可用三棱鏡治療；大于10?者可選用壓貼三棱鏡平均分置雙眼。
6）手術治療原則：
①為了適應生活與工作需要，手術設計應首先考慮正前方與下方的功能，所以要盡可能將高眼位降下來。
②手術一般應在非注視眼進行，例如用鍵眼注視的上直肌麻痹，可減弱麻痹肌的直接對抗肌（該眼的下直肌）；若患者用麻痹眼注視，則減弱其配偶肌（健眼的下斜肌）。
③麻痹性斜視手術設計應以減弱直接對抗肌或其配偶肌的功能為主，因加強性手術的效果遠不如減弱性手術明顯。
④對于垂直麻痹性斜視，手術時應盡量避免過矯，否則會產生不適。
⑤為了避免眼球前部缺血及不良后果的發生，手術時，每次一眼不應超過兩條直肌。
