下列因素會使角膜移植術后發生排斥反應的可能增大：①患者角膜基質層存在新生血管，因為新生血管使免疫細胞更容易到達移植片，識別并攻擊異體抗原。②大的移植片因為攜帶的有效抗原強，并且靠近患者角膜緣，所以易發生排斥反應。③患者自身敏感性較高，也易發生排斥反應。④其他一些因素如炎癥、眼部充血以及移植術后的其他手術操作也可能誘發排斥反應。具體地說，有嚴重新生血管的角膜病變(如角膜白斑、酸堿燒傷)、角膜炎癥未控制時、單純皰疹性角膜炎、頭一次角膜移植發生排斥反應需進行第二次角膜移植的患者，都比較容易發生角膜移植術后的排斥反應。