真菌性角膜潰瘍治療以抗真菌藥物為主，常用0．25％二性霉素B、那他霉素及10％大扶康、1％瞇康唑、1％克霉哩等眼藥水，并全身應用抗真菌藥，如斯皮仁諾膠囊等。皮質類固醇無論全身或局部單獨使用均屬禁忌。穿透性角膜移植術是近年比較肯定的手術治療方法，其適應癥主要是藥物治療無效，或角膜潰瘍穿孔，發生眼內容物脫出或繼發青光眼等嚴重并發癥，是為挽救眼球而采取的一種搶救性手術。由于真菌菌絲可垂直生長，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌絲可向深部生長，甚至侵入眼內，手術難以清除干凈眼內的真菌，故術后常出現復發。因此對無手術適應癥者，強調先行抗真菌藥物治療。