如果進行充分的藥物治療后，角膜炎仍然得不到控制，在組織內壓和細菌毒素的雙重作用下，角膜基質組織壞死脫落，形成角膜潰瘍，若潰瘍繼續向深部發展，則會引起角膜部分的全層壞死而穿孔。如果不進行治療性的角膜移植手術，炎癥會迅速向眼內擴展，最后導致全眼球炎而喪失眼球。此時，如果進行角膜手術，則可以通過切除病變組織，使藥物容易進入角膜組織和眼內，從而有利于控制炎癥而挽救眼球。但是，由于此時的角膜移植手術是在眼球處于一種極度充血的炎癥狀態下手術的，而且還未有效控制炎癥，所以術后炎癥可能重新死灰復燃；另外，炎癥期的角膜移植手術的排斥反應也是很高的，從視力的角度來看，此時角膜移植的主要目的是挽救眼球，是治療性的目的而不是光學性的增視目的。